​​​​El Ministerio de Salud y Protección Social como entidad rectora del Sistema General de Seguridad Social en Salud, hace parte integral de la Política Nacional de Equidad de Género para las Mujeres, liderada por la Consejería Presidencial para la Equidad de la Mujer, formulada en respuesta al compromiso establecido en el Plan Nacional de Desarrollo 2010-2014 "Prosperidad para todos" y que tiene como propósito garantizar los derechos humanos integrales e interdependientes de las mujeres y la igualdad de género.

El Ministerio desarrolla acciones en los ejes de i) Transformación cultural y construcción de paz, ii) Salud y derechos sexuales y reproductivos y iii) una vida libre de violencia del Plan de Acción Indicativo para el período 2013-2016.

​En el eje de Transformación cultural y construcción de paz, se avanza en la transversalización del enfoque de género, inicialmente en las políticas, planes y programas para víctimas del conflicto armado, discapacidad, asuntos étnicos, familia y envejecimiento y vejez. En el eje para garantizar una vida libre de violencia se avanza en la implementación de las medidas de atención ordenadas en la Ley 1257 de 2008​ y sus decretos reglamentarios.