Para lograr la afiliación de la población pobre y vulnerable del país al SGSSS, el Estado Colombiano ha definido al Régimen Subsidiado en Salud como su vía de acceso efectiva al ejercicio del Derecho fundamental de la Salud. Es responsabilidad de los Entes Territoriales la operación adecuada de sus procesos, en virtud de su competencia descentralizada frente al bienestar de la población de su jurisdicción. De esa forma, los Municipios, Distritos y Departamentos tienen funciones específicas frente a la identificación y afiliación de la población objeto, así como sobre la inversión, contratación y seguimiento de la ejecución de los recursos que financian el Régimen ( recursos de esfuerzo propio, de la Nación (SGP) y del FOSYGA). Así mismo, es deber de los Entes Territoriales el seguimiento y vigilancia al acceso efectivo a los servicios contratados por las EPS-S, por parte de la población beneficiaria, es decir, sobre la ejecución misma de los contratos suscritos con las EPS-S.
Para la asistencia técnica se editó un material pedagógico denominado "Caja de Herramientas", cuya primera edición se entregó a todos los municipios y secretarías del país. Está disponible una segunda edición actualizada de la "caja de herramientas" con la última reglamentación vigente sobre el régimen subsidiado.