​​​​En el marco del pilar de equidad del actual Gobierno Nacional este Ministerio estableció dentro de sus líneas estratégicas prioritarias la salud pública,  considerando como una gran meta a alcanzar para el año 2022 la eliminación de malaria en territorios priorizados, lo cual se alinea con el Plan Decenal De Salud Pública​ que planteó la reducción de mortalidad por malaria al año 2021. 

En el territorio colombiano la transmisión de la malaria es del tipo de zonas inestables con patrones endemo-epidémicos variables y focales en las diferentes regiones eco-epidemiológicas. El comportamiento de la morbilidad por malaria ​en Colombia en los últimos diecisiete años, ha mantenido una tendencia descendente y registrado un comportamiento con promedios anuales de 50.000 a 100.000 casos.

​Desde 1974, los casos de malaria producidos por Plasmodium​ vivax predominan en el país (60 a 65%), aun cuando en regiones como la Costa Pacífica la relación favorece a P. falciparum. La transmisión de malaria que se registra en el país se caracteriza por la presencia de ciclos epidémicos que ocurren cada 2 a 7 años, relacionados con la ocurrencia del fenómeno del Niño-Oscilación Sur. En los últimos años el evento malaria ha mantenido una tendencia al descenso, pasando de 171.960 casos en el 2000 a 50.301 casos en el 2017 y en las primeras 48 semanas de 2018 se han notificado 54.545 casos, lo que demuestra una reducción cercana al 70% en el número de casos. Durante este periodo se presentaron dos aumentos en el número de casos, el primero (año 2010) asociado al mejoramiento de la red diagnostica en los departamentos endémicos del país (Proyecto Malaria Colombia) y el segundo durante el año 2016 debido a la intensificación de la minería ilegal en los departamentos de la región pacífica, sobre todo en el departamento del Chocó (15 de 31 Municipios), que reporto el 67% de los casos registrados en el país.

Es una enfermedad producida por un parásito del género Plasmodium, el cual puede ser transmitido comúnmente por la picadura de la hembra del zancudo Anopheles. Entre los síntomas más comunes de la enfermedad, que aparecen una semana después de adquirido el parásito, están fiebre, dolor de cabeza, escalofríos, vómito, fatiga, y dificultad al respirar.

​Una persona que presente los síntomas y haya estado en una zona con transmisión del vector debe acudir oportunamente a un centro de salud para que le practiquen las pruebas rápidas de diagnóstico para verificar si tiene o no malaria, y determinar el tipo de parásito, para recibir así el tratamiento adecuado.

Los principales focos de transmisión de malaria en el país se encuentran situados en la Región Pacifica (Departamentos del Chocó, Cauca, Nariño ​y el distrito de Buenaventura) 50 al 60%, seguida por la región Urabá – Bajo Cauca –Alto Sinú (Antioquia y Córdoba) 20 al 30%, Amazonia 5 al 10%, Orinoquia – Centro Oriente y Atlántica 5%.